与MBA课程相比，EMBA课程更强调整合性和决策导向性，强调密切联系实际和面向国际竞争环境。借鉴国外和境外大学EMBA项目的课程设置，结合我国的实际情况，EMBA课程分为必修课、核心课和选修课。
必修课包括：社会主义经济理论与实践、商务英语。
可作为核心课程的主要课程包括：管理经济学、组织行为学、数据模型与决策、会计学、公司理财、营销管理、战略管理、信息管理、国际企业管理、人力资源管理和领导学等。
可作为选修课的主要课程有：运营管理、人力资源管理与开发、技术创新管理、项目管理、创新与变革管理、知识管理、企业研究方法、管理沟通与谈判、商业伦理、领导学、危机管理、财务报表分析与经营决策、项目投资与融资决策、风险管理、电子商务、商法、国际金融、企业政策、公司治理、环境管理、现代科技知识、公共政策等。
同时，各学校也可以根据学员的实际情况，选择若干门课程作为预修课。
具体的课程计划由各个学校根据本校的教学资源优势来制定。EMBA的学位论文可以是结合管理实践的专题研究报告、案例研究等。